Le préfet de zone de défense et de sécurité a trois missions : l’élaboration des mesures non militaires de défense et la coopération avec l’autorité militaire (la circonscription militaire de défense coïncide avec la zone) ; la coordination des moyens de sécurité civile ; l’administration d’un certain nombre de moyens de la police nationale et de moyens des transmissions du ministère de l’intérieur.
Le préfet de zone est le préfet de la région et du département chef lieu de la zone de défense et de sécurité. A Paris, le préfet de la zone de défense est le préfet de police. Il existe sept zones de défense en métropole. Hors le cas de Paris, le préfet de zone est assisté d’un préfet délégué pour la défense et la sécurité. Celui-ci dirige l’état-major de zone et le secrétariat général pour l’administration de la police (SGAP). Il peut être chargé, pour le département chef-lieu, de la direction et du contrôle des services de police, ainsi que de la coordination opérationnelle de l’ensemble des forces participant à la sécurité : services de police et de gendarmerie nationale.